Тебердинский заповедник расположился на северных склонах Главного Кавказского хребта. Заповедник состоит из трех участков: Тебердинский - площадью 66 059 га, Архызский - площадью 19 270 га, и биосферный полигон - площадью 27 277 га, который соединил два кластерных участка заповедника между собой и с территорией Кавказского биосферного заповедника. Таким образом суммарная площадь Тебердинского биосферного заповедника составляет 112606 га.
Почти треть территории - 31,7% Тебердинского государственного биосферного заповедника занимают леса, пятую часть территории заповедника - 20% занимают луга, 8,5% территории занимают ледники, 38,4% - скалы и осыпи, 0,7% - водные ресурсы.
